Notes de réunion projet CellRegulomics

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Réunion du 1-10-2020. (CC GB YS).

Voici les points à développer durant le stage de Yoan:

1) Développement d’un jeu de données synthétiques.

2) Développement sur la partie agrégation de réseau: Déboguage de l’agrégation avec production d’un fichier permettant le suivi de l’évolution des scores et des nœuds agrégés et refusés pour chaque réseau. Passage à un score en pourcentage.

3) Modèle de comparaison de réseaux par les TF et les mesures de degrés associés.

– Intra types cellulaires

– Inter types cellulaires

4) Mise en place d’un filtre sur les TF basé sur les degrés validés. (ratio degré validé sur degré spécifique). Ce filtre sera appliqué sur les données de régulations (TRRUST, Remap…). Ensuite on refera tourner ITI pour obtenir des réseaux filtrés.

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