Planemo
Un peu de doc : http://planemo.readthedocs.org/en/latest/writing_standalone.html https://github.com/galaxyproject/planemo
Installation de Planemo
Je n’ai pas réussi avec brew. Méthode manuelle :
virtualenv .planemo . .planemo/bin/activate pip install planemo
Ça installe planemo dans un virtualenv stocké dans ~/.planemo
Utilisation de Planemo
Pour activer le virtualenv (1 fois dans chaque nouveau terminal):
cd ~ . .planemo/bin/activate
Créer un outil à partir de rien:
cd mon_super_outil planemo project_init --template=demo
Pour valider la syntaxe xml qu’on a écrit :
planemo lint
Pour lancer les tests qui sont définis dans le xml (le binaire doit être dans le PATH):
planemo test
Pour lancer un galaxy de test pour voir la tête du formulaire:
planemo serve
Aller sur http://127.0.0.1:9090/