Bienvenue sur hackpndb1, le site dédié au premier atelier de travail mis en place dans le cadre de l’infrastructure de recherche Pole national de données de biodiversité pilotée par le Muséum national d’histoire naturelle. Cette première édition est financé par l’OSU Ecce Terra.

Vigie-Chiro

Jeu de scripts plus ou moins interactifs :

• https://github.com/cesco-lab/Vigie-Chiro_scripts
  pouvant servir de ressource pour (1) des intégrations futures dans Galaxy-E, (2) pour des analyses sur d’autres jeux de données. A discuter

Variables biodiv via télédetection

• Pour l’extraction de données SIG/télédections disponibles à l’échelle France entière, première version de script à améliorer :
  https://github.com/cesco-lab/Vigie-Chiro_scripts/blob/master/Coord_SIG.R
• Script qui fait tourner un random forest pour prédire l’abondance, la présence ou toute autre variable biodiv en fonction des variables extraites par le script précédent :
  https://github.com/cesco-lab/Vigie-Chiro_scripts/blob/master/PredictAct_MultiSp.R
• La structure est décrite dans les slides 12 à 14 ici :
  https://github.com/cesco-lab/Vigie-Chiro_scripts/blob/master/PredictAct_MultiSp.R

STOC Capture / CRBPO / STOC reporting & Birdlab

• Développement d’une interface web d’analyse dynamique des indicateurs d’états et fonctionnement des populations d’oiseaux en période de reproduction (issu du STOC Capture / CRBPO), à partir des scripts développés par Romain Lorrillière.
  Pour cette platforme plein d’idées, certaines avec un minimum d’adaptation des codes et d’autre plus embrionnaire.
• Le stoc reporting sur les données de baguage correspond à des données très particulière et il faut réfléchir à la mise en ligne et à l’acces au données, ajd les rapport ne sont disponible qu’à ceux qui ont un accès privilégié (en gros les bagueurs) au site internet du CRBPO.
  Par contre les données traitées sont sous le format d’une table et toutes le programme fonctionne sous forme de fonction avec paramètre d’entrées
• Il y a aussi des scripts existants sur Birdlab et des idées qui pourraient notamment permettre aux observateurs de naviguer dans les données.

Proposition Métadonnées

• Autour de EML et IPTtoolkit + Metacat .. pourquoi pas http://skosmos.org/
• Voir notion de « conteneru » de données / HDF5  et « packages » de données NetCDF – EDI data package (https://github.com/EDIorg/EDIorg-repository-index / https://environmentaldatainitiative.org/resources/dataset-design/data-package-design-for-community-survey-data/ https://2018lterallscientistsmeeting.sched.com/event/FYqH/harmonizing-ecological-community-survey-data-for-reuse)
• Catalogue de formats de fichiers : https://facile.cines.fr/
• Pour netCDF : http://nco.sourceforge.net/#Definition
  NetCDF data is :
  • Self-Describing. A netCDF file includes information about the data it contains.
  • Portable. A netCDF file can be accessed by computers with different ways of storing integers, characters, and floating-point numbers.
  • Scalable. A small subset of a large dataset may be accessed efficiently.
  • Appendable. Data may be appended to a properly structured netCDF file without copying the dataset or redefining its structure.
  • Sharable. One writer and multiple readers may simultaneously access the same netCDF file.
  • Archivable. Access to all earlier forms of netCDF data will be supported by current and future versions of the software.
• netCDF viewer https://www.giss.nasa.gov/tools/panoply/download/ et http://meteora.ucsd.edu/~pierce/ncview_home_page.html
• stockage base de données via SIARD Software Independent Archival of Relational Databases https://www.loc.gov/preservation/digital/formats/fdd/fdd000426.shtml
• Dataverse
  • exemple de requête sur dataverse INRA : https://data.inra.fr/api/datasets/:persistentId/?persistentId=doi:10.15454/ELCSZI
  • Metadata harvesting related to dataverse center http://guides.dataverse.org/en/latest/admin/harvestclients.html
• Minimum requirement genre https://fairsharing.org/collection/MIBBI
• Observation & Measurement O&M https://www.opengeospatial.org/standards/om
• Datacite (CSW et OAI-PMH) https://www.datacite.org/oaipmh.html