Le groupe GUGGO reprĂ©sente un espace collaboratif pour les scientifiques, biologistes ou bioinformaticiens, intĂ©ressĂ©s par lâanalyse de donnĂ©es et la plateforme web Galaxy.
Ce groupe a pour but de faciliter le transfert dâinformations au niveau du grand ouest concernant Galaxy en propageant les fondements de cette plateforme web, basĂ©s sur lâaccessibilitĂ©, la reproductibilitĂ©et la transparence.
Mettre en place une instance Galaxy, ce quâil faut savoir
- Tout d’abord, la façon la plus simple de dĂ©ployer un serveur Galaxy est d’utiliser l’image Docker super bien maintenue avec un Galaxy complĂ©tement configurĂ© : http://bgruening.github.io/docker-galaxy-stable/
- La documentation pour administrer un serveur Galaxy : https://new.galaxyproject.org/docs/#administration – la plupart des slides les plus rĂ©centes pour se former Ă l’administration d’une instance Galaxy et autre sont dispo ici : https://gvlproject.github.io/dagobah-training/
- La documentation pour dĂ©veloppeurs d’outils Galaxy : https://docs.galaxyproject.org/en/latest/dev/
- L’ensemble des variables utilisables dans un fichier xml de description d’outil Galaxy : https://docs.galaxyproject.org/en/latest/dev/schema.html
- Les infos pour ajouter un “interactive environment” : https://docs.galaxyproject.org/en/latest/dev/interactive_environments.html
- La documentation concernant l’API de Galaxy : https://docs.galaxyproject.org/en/latest/api_doc.html
- Le chat Gitter pour Ă©changer sur les problĂšmes et autres :Â https://gitter.im/galaxyproject/Lobby