Le groupe GUGGO représente un espace collaboratif pour les scientifiques, biologistes ou bioinformaticiens, intéressés par l’analyse de données et la plateforme web Galaxy.
Ce groupe a pour but de faciliter le transfert d’informations au niveau du grand ouest concernant Galaxy en propageant les fondements de cette plateforme web, basés sur l’accessibilité, la reproductibilitéet la transparence.
Mettre en place une instance Galaxy, ce qu’il faut savoir
- Tout d’abord, la façon la plus simple de déployer un serveur Galaxy est d’utiliser l’image Docker super bien maintenue avec un Galaxy complétement configuré : http://bgruening.github.io/docker-galaxy-stable/
- La documentation pour administrer un serveur Galaxy : https://new.galaxyproject.org/docs/#administration – la plupart des slides les plus récentes pour se former à l’administration d’une instance Galaxy et autre sont dispo ici : https://gvlproject.github.io/dagobah-training/
- La documentation pour développeurs d’outils Galaxy : https://docs.galaxyproject.org/en/latest/dev/
- L’ensemble des variables utilisables dans un fichier xml de description d’outil Galaxy : https://docs.galaxyproject.org/en/latest/dev/schema.html
- Les infos pour ajouter un “interactive environment” : https://docs.galaxyproject.org/en/latest/dev/interactive_environments.html
- La documentation concernant l’API de Galaxy : https://docs.galaxyproject.org/en/latest/api_doc.html
- Le chat Gitter pour échanger sur les problèmes et autres : https://gitter.im/galaxyproject/Lobby