Vidjil face aux clones mutants : quelles méthodes sans alignement ?

Mikaël Salson (Université de Lille)

24/10/2024 10:30 - 12:00
Emplacement: Aurigny Room

Dans cet exposé, nous explorerons les heuristiques à base de k-mers utilisées par le logiciel Vidjil pour l’analyse des recombinaisons V(D)J, essentiels à la diversité clonale des lymphocytes B et T, impliqués dans l’immunité acquise. Nous aborderons les principes de cette méthode, qui permet de détecter efficacement les recombinaisons V(D)J et de les regrouper en populations clonales.

Cependant, certaines questions ouvertes demeurent dans ce domaine. Nous examinerons notamment les défis posés afin de réussir à détecter sans alignement des sous-populations de lymphocytes, qui diffèrent par seulement quelques mutations ponctuelles. Nous aborderons également la détection de recombinaisons plus complexes, impliquant potentiellement plus de partenaires, et proposerons des pistes pour généraliser les heuristiques actuelles à des recombinaisons arbitrairement complexes.

Cet exposé mettra en lumière non seulement les succès de l’approche de Vidjil, mais aussi les limites actuelles et les innovations nécessaires pour améliorer la précision et la portée des analyses de recombinaisons V(D)J.

(Pour les participants internes)