Le groupe GUGGO reprĂ©sente un espace collaboratif pour les scientifiques, biologistes ou bioinformaticiens, intĂ©ressĂ©s par lâanalyse de donnĂ©es et la plateforme web Galaxy.
Ce groupe a pour but de faciliter le transfert dâinformations au niveau du grand ouest concernant Galaxy en propageant les fondements de cette plateforme web, basĂ©s sur lâaccessibilitĂ©, la reproductibilitĂ©et la transparence.
Contribution dâun outil Galaxy
Galaxy & IUC
Un outil bien intégré est un outil présent dans le dépÎt officiel Galaxy.
Une fois cet outil dans ce dépÎt Git, il sera automatiquement mis en ligne dans le toolshed principal.
Ainsi, l’outil sera disponible pour la totalitĂ© des administrateurs d’instance Galaxy, sous le tag IUC, ce qui est signe de qualitĂ©.
Conda
Galaxy utilise les recettes prĂ©sentes dans bioconda afin de rĂ©soudre les dĂ©pendances d’un outil et ainsi les installer automatiquement.
Si vous voulez intégrer un outil qui ne dispose pas de recette, il vous faudra la faire ;).
Planemo
Au niveau du dĂ©veloppement de l’outil Ă proprement parlĂ©, Galaxy prĂ©conise l’utilisation de planemo. Cet outil python permet d’intĂ©grer un outil correctement en vĂ©rifiant la syntaxe et les tests, mais Ă©galement en permettant de le dĂ©ployer dans un serveur Galaxy crĂ©Ă© Ă la volĂ©e.
Il n’est donc pas nĂ©cessaire d’avoir Ă dĂ©ployer une instance soit mĂȘme.
Contribution
Afin d’ajouter une recette conda ou un outil Galaxy, il va falloir faire une pull request dans le dĂ©pĂŽt en question.