Le groupe GUGGO représente un espace collaboratif pour les scientifiques, biologistes ou bioinformaticiens, intéressés par l’analyse de données et la plateforme web Galaxy.
Ce groupe a pour but de faciliter le transfert d’informations au niveau du grand ouest concernant Galaxy en propageant les fondements de cette plateforme web, basés sur l’accessibilité, la reproductibilitéet la transparence.
Planemo
Un peu de doc : http://planemo.readthedocs.org/en/latest/writing_standalone.html https://github.com/galaxyproject/planemo
Installation de Planemo
Je n’ai pas réussi avec brew. Méthode manuelle :
virtualenv .planemo . .planemo/bin/activate pip install planemo
Ça installe planemo dans un virtualenv stocké dans ~/.planemo
Utilisation de Planemo
Pour activer le virtualenv (1 fois dans chaque nouveau terminal):
cd ~ . .planemo/bin/activate
Créer un outil à partir de rien:
cd mon_super_outil planemo project_init --template=demo
Pour valider la syntaxe xml qu’on a écrit :
planemo lint
Pour lancer les tests qui sont définis dans le xml (le binaire doit être dans le PATH):
planemo test
Pour lancer un galaxy de test pour voir la tĂŞte du formulaire:
planemo serve
Aller sur http://127.0.0.1:9090/