Le groupe GUGGO représente un espace collaboratif pour les scientifiques, biologistes ou bioinformaticiens, intéressés par l’analyse de données et la plateforme web Galaxy.

Ce groupe a pour but de faciliter le transfert d’informations au niveau du grand ouest concernant Galaxy en propageant les fondements de cette plateforme web, basés sur l’accessibilité, la reproductibilitéet la transparence.

Planemo

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Un peu de doc : http://planemo.readthedocs.org/en/latest/writing_standalone.html https://github.com/galaxyproject/planemo

Installation de Planemo

Je n’ai pas réussi avec brew. Méthode manuelle :

virtualenv .planemo
. .planemo/bin/activate
pip install planemo

Ça installe planemo dans un virtualenv stocké dans ~/.planemo

Utilisation de Planemo

Pour activer le virtualenv (1 fois dans chaque nouveau terminal):

cd ~
. .planemo/bin/activate

Créer un outil à partir de rien:

cd mon_super_outil
planemo project_init --template=demo

Pour valider la syntaxe xml qu’on a écrit :

planemo lint

Pour lancer les tests qui sont définis dans le xml (le binaire doit être dans le PATH):

planemo test

Pour lancer un galaxy de test pour voir la tête du formulaire:

planemo serve

Aller sur http://127.0.0.1:9090/