Le groupe GUGGO représente un espace collaboratif pour les scientifiques, biologistes ou bioinformaticiens, intéressés par l’analyse de données et la plateforme web Galaxy.

Ce groupe a pour but de faciliter le transfert d’informations au niveau du grand ouest concernant Galaxy en propageant les fondements de cette plateforme web, basés sur l’accessibilité, la reproductibilitéet la transparence.

Contribution d’un outil Galaxy

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Galaxy dev corner

Galaxy & IUC

Un outil bien intégré est un outil présent dans le dépôt officiel Galaxy.

Une fois cet outil dans ce dépôt Git, il sera automatiquement mis en ligne dans le toolshed principal.

Ainsi, l’outil sera disponible pour la totalité des administrateurs d’instance Galaxy, sous le tag IUC, ce qui est signe de qualité.

Conda

Galaxy utilise les recettes présentes dans bioconda afin de résoudre les dépendances d’un outil et ainsi les installer automatiquement.

Si vous voulez intégrer un outil qui ne dispose pas de recette, il vous faudra la faire ;).

Planemo

Au niveau du développement de l’outil à proprement parlé, Galaxy préconise l’utilisation de planemo. Cet outil python permet d’intégrer un outil correctement en vérifiant la syntaxe et les tests, mais également en permettant de le déployer dans un serveur Galaxy créé à la volée.

Il n’est donc pas nécessaire d’avoir à déployer une instance soit même.

Kit de survie

Contribution

Afin d’ajouter une recette conda ou un outil Galaxy, il va falloir faire une pull request dans le dépôt en question.

Doc

Slides

Mémo