Standard qPCR gblocks

You are currently viewing a revision titled "Standard qPCR gblocks", saved on 24 March 2020 at 16 h 28 min by Romain Causse-VĂ©drines
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Standard qPCR gblocks
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Début : 12/2019 Fin : Recherche d'un standard pour qPCR Exemple de Formulaire pour les Projets DEV. Tous documents/liens jugés nécessaires par le personnel en charge du projet peuvent y être ajoutés. Contact/Date/Coordonnées : Philippe VDK Demande (application, techno, protocole, échantillons, …) :  Pour ses travaux et ceux de ses doctorant(e)s, axé sur les amplicons 16S et 18S, PVDK souhaite connaître le nombre de cibles dans l'échantillon à partir duquel il obtient son nombre de reads au séquençage. PVDK a présenté le principe lors de rdv en réunion mais également par mail. Cela leur permettrait donc de faire une correction en bioinfo, sachant que le nombre de reads obtenus a tendance à fluctuer. Plutôt que de se baser sur le nombre de reads (et donc partir du principe que + de reads = + de cibles donc + d'abondance de l'sp.), ils pourront corriger leurs tables en normalisant le nombre de reads en fonction du nombre de cibles initiales qui sera alors connu. Fiche contact/Type de contrat (si applicable) : Le standard sera appliqué dans divers projet VANPH ou MOCEN dans un premier temps. Faisabilité : Oui. L'utilisateur doit cependant nous fournir une séquence 16S et une séquence 18S. Coût estimé : Les renseignements de HEMJU ont permis d'arrêter un choix sur les gblocks proposés par IDT. Les gblocks sont en fait des standards dans des concentrations connus qui sont synthétisés par IDT. Le coût varie selon la taille. Il semblerait que nous partions sur des gblocks de 500-750 bp, soit 120 euros le standard. https://eu.idtdna.com/pages/products/genes-and-gene-fragments/double-stranded-dna-fragments/gblocks-gene-fragments Devis/Fiche d’engagement (si applicable) : nan Project Plan/Date envisagée :
  • Commande du produit
  • Calcul Ă  rĂ©ception du nombre de copies des produits selon protocoles (voir ci dessous)
  • Tests (LC480) des gblocks commandĂ©s en parallèle de quelques Ă©chantillons pour voir si ça rentre bien dans la gamme (MOCEN?), pour mesurer l'efficacitĂ© de la gamme (large) qu'on mettra au point.
  • Tests grandeur nature en smartchip.
  Protocoles rĂ©alisĂ©s (Si Applicable) : https://eu.idtdna.com/pages/education/decoded/article/tips-for-working-with-gblocks-gene-fragments en complĂ©ment, petit document sur la qPCR. RĂ©sultats : Pour applications/Technos : Validation Technique : Oui/non Pour automates : Qualification OpĂ©rationnelle ValidĂ©e : Oui/Non Qualification de Performance ValidĂ©e : Oui/Non   Conclusions : Passage en prestation CPG : Oui/Non KestafĂ©/Mode OpĂ©ratoire rĂ©digĂ© (si applicable) : Oui/Non (Lien vers KestafĂ©/Mode OpĂ©ratoire)   Documents Externes (publications, manuels, protocoles fournisseurs, …) : Suivi du projet (si applicable : amĂ©lioration, ajustement, …) :
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Footnotes


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27 September 2021 at 15 h 57 min Romain Causse-VĂ©drines
27 September 2021 at 15 h 45 min Romain Causse-VĂ©drines
13 September 2021 at 10 h 05 min Romain Causse-VĂ©drines
13 September 2021 at 9 h 14 min Romain Causse-VĂ©drines
10 September 2021 at 15 h 36 min Romain Causse-VĂ©drines
24 March 2020 at 16 h 04 min Romain Causse-VĂ©drines
24 March 2020 at 15 h 28 min Romain Causse-VĂ©drines
24 March 2020 at 14 h 29 min Romain Causse-VĂ©drines
24 March 2020 at 11 h 42 min Romain Causse-VĂ©drines
24 March 2020 at 9 h 39 min Romain Causse-VĂ©drines
24 March 2020 at 9 h 02 min Romain Causse-VĂ©drines