Standard qPCR gblocks

You are currently viewing a revision titled "Standard qPCR gblocks", saved on 10 September 2021 at 17 h 36 min by Romain Causse-VĂ©drines
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Standard qPCR gblocks
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DĂ©but : 12/2019 Fin : Recherche d'un standard pour qPCR Exemple de Formulaire pour les Projets DEV. Tous documents/liens jugĂ©s nĂ©cessaires par le personnel en charge du projet peuvent y ĂŞtre ajoutĂ©s. Contact/Date/CoordonnĂ©es : Philippe VDK Demande (application, techno, protocole, Ă©chantillons, …) :  Pour ses travaux et ceux de ses doctorant(e)s, axĂ© sur les amplicons 16S et 18S, PVDK souhaite connaĂ®tre le nombre de cibles dans l'Ă©chantillon Ă  partir duquel il obtient son nombre de reads au sĂ©quençage. PVDK a prĂ©sentĂ© le principe lors de rdv en rĂ©union mais Ă©galement par mail. Cela leur permettrait donc de faire une correction en bioinfo, sachant que le nombre de reads obtenus a tendance Ă  fluctuer. PlutĂ´t que de se baser sur le nombre de reads (et donc partir du principe que + de reads = + de cibles donc + d'abondance de l'sp.), ils pourront corriger leurs tables en normalisant le nombre de reads en fonction du nombre de cibles initiales qui sera alors connu. Fiche contact/Type de contrat (si applicable) : Le standard sera appliquĂ© dans divers projet VANPH ou MOCEN dans un premier temps. Faisabilité : Oui. L'utilisateur doit cependant nous fournir une sĂ©quence 16S et une sĂ©quence 18S. CoĂ»t estimé : Les renseignements de HEMJU ont permis d'arrĂŞter un choix sur les gblocks proposĂ©s par IDT. Les gblocks sont en fait des standards dans des concentrations connus qui sont synthĂ©tisĂ©s par IDT. Le coĂ»t varie selon la taille. Il semblerait que nous partions sur des gblocks de 500-750 bp, soit 120 euros le standard. https://eu.idtdna.com/pages/products/genes-and-gene-fragments/double-stranded-dna-fragments/gblocks-gene-fragments Devis/Fiche d’engagement (si applicable) : nan Project Plan/Date envisagĂ©e :   09-10/09/2021: MOCEN compte rĂ©aliser un projet de smartchip avec gblocks. VANPH nous a transmis une sĂ©quence. Nous allons commander cela chez IDT, sous la forme d'un unique standard qui couvrira la zone AMF et la zone FG. voici la sĂ©quence Ă  commander: GAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTTGGCCTGGCTGGCAGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTTGTCCCTTCCTGAAGAACCGTAATGCCATTAATTTGGTGTTGCGGGGAAACAGGACTGTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTTAAAGCAAGCTAACGCTTGAATACATTAGCATGGAATAATGAAATAGGACGATCGATCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGATTGACGTAATGATTAATAGGGATAGTTGGGGGCATTAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTACGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTGACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGATGATGTTAATTTTATAATGACTCATTTGGCGCCTTACGGGAAACCAAAGTGTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGGGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGcTTAATTCCGATA En annexe de cette fiche dev se trouve le fichier reprenant toutes les informations et la localisations des primers. MICSO va contacter Nolan Talhi d'IDT pour obtenir un cadeau sur ce gblocks. A reception nous penserons Ă  tester la gamme avec quelques Ă©chantillons que MOCEN doit nous amener. Protocoles rĂ©alisĂ©s (Si Applicable) : https://eu.idtdna.com/pages/education/decoded/article/tips-for-working-with-gblocks-gene-fragments en complĂ©ment, petit document sur la qPCR. RĂ©sultats : Pour applications/Technos : Validation Technique : Oui/non Pour automates : Qualification OpĂ©rationnelle ValidĂ©e : Oui/Non Qualification de Performance ValidĂ©e : Oui/Non   Conclusions : Passage en prestation CPG : Oui/Non KestafĂ©/Mode OpĂ©ratoire rĂ©digĂ© (si applicable) : Oui/Non (Lien vers KestafĂ©/Mode OpĂ©ratoire)   Documents Externes (publications, manuels, protocoles fournisseurs, …) : Suivi du projet (si applicable : amĂ©lioration, ajustement, …) :
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27 September 2021 at 15 h 57 min Romain Causse-VĂ©drines
27 September 2021 at 15 h 45 min Romain Causse-VĂ©drines
13 September 2021 at 10 h 05 min Romain Causse-VĂ©drines
13 September 2021 at 9 h 14 min Romain Causse-VĂ©drines
10 September 2021 at 15 h 36 min Romain Causse-VĂ©drines
24 March 2020 at 16 h 04 min Romain Causse-VĂ©drines
24 March 2020 at 15 h 28 min Romain Causse-VĂ©drines
24 March 2020 at 14 h 29 min Romain Causse-VĂ©drines
24 March 2020 at 11 h 42 min Romain Causse-VĂ©drines
24 March 2020 at 9 h 39 min Romain Causse-VĂ©drines
24 March 2020 at 9 h 02 min Romain Causse-VĂ©drines